Zoönosen zijn ziekten die van dier op mens overdraagbaar zijn, hoewel dit bij paarden nauwelijks voorkomt. Om aan te tonen dat Therapiepaardje wel maatregelen neemt om zoönosen te voorkomen en de kans op besmetting te beperken, heeft de Gezondheidsdienst voor Dieren het Keurmerk Zoönosen uitgereikt aan Therapiepaardje. Aan de hand van een stappenplan heeft Therapiepaardje moeten laten zien dat zij voldoende maatregelen heeft genomen om zoönosen zoveel mogelijk te voorkomen.

Dit plan bestaat uit het invullen van een checklist met de dierenarts. De ingevulde checklist wordt door de GD (De Gezondheidsdienst voor Dieren) beoordeeld en er wordt een score gegeven.
Getoetst wordt op het algemene hygiënebeleid, of de dieren gevaccineerd en/of onderzocht worden op zoönosen en of bij problemen op het gebied van diergezondheid de dierenarts wordt ingeschakeld. Daarnaast wordt bekeken in hoeverre de dieren de afgelopen 12 maanden vrij waren van klinische verschijnselen m.b.t. zoönosen. Therapiepaardje heeft ook hiervoor een mooi keurmerkbord ontvangen. Elk jaar komt hier een nieuwe keurmerkzegel op met het jaartal.